Back to dashboard

Bioinformatics Programmer 3

Job ID 8526 | Run 20260913-151612

Changed Fields

Only the job description changed.

Job Description Diff


Previous Job Description
Current Job Description
n1Job Description:n1JOB SUMMARY
2JOB SUMMARY The Division of HIV, Infectious Diseases and Global Medicine at Zuckerberg San Francisco
> General Hospital (ZSFG) is an internationally recognized global leader in HIV clinical care, resear 
>ch and education and has grown to encompass a network of specialty clinics, multiple research and cl 
>inical trials, an infectious diseases/HIV education program, an international research program in Ea 
>st Africa and a vibrant community forum for clinicians and researchers. Dr. Lee’s research group (ht 
>tps://sulggileelab.ucsf.edu/), housed within the division, focuses on clinical and translational res 
>earch, and in particular, observational cohort and clinical trial studies that focus on infectious d 
>iseases, such as HIV and SARS-CoV-2. The Bioinformatics Programmer 3 will work closely with the Prin 
>cipal Investigator and Study Investigators in running the computational aspects of Dr. Lee’s researc 
>h group. They will have the unique opportunity to work directly with project directors and research  
>collaborators to help design and implement data analysis methods to analyze a wide range of multidis 
>ciplinary projects. These include host genomewide (e.g., whole genome sequencing, GWAS microarray),  
>single cell sequencing (e.g., 10X scRNA/VDJ/ATAC/antibody), pathogen-specific assays (e.g., HIV rese 
>rvoir quantification by droplet digital PCR methods, HIV-host integration PCR assays) and applying a 
>dvanced statistical modeling approaches to these data (e.g., linear and nonlienar mixed effects mode 
>ling, causal inference modeling). The incumbent will lead and help design complex analyses applying  
>novel computational methods and managing the research group’s server space (e.g., UCSF Wynton HPC cl 
>uster), assist in overseeing and mentoring trainees (e.g., postdoctoral fellows, graduate students), 
> and be a major part of bringing the analysis projects to completion. The candidate should have a st 
>rong background in mathematics, biostatistics, statistical genetics, and bioinformatics. They should 
> have strong interpersonal and communication skills to be able to interact with an interdisciplinary 
> collaborators (clinical and laboratory-based). The candate should use skills as a seasoned, experie 
>nced bioinformatics programming professional with a broad understanding of computational algorithms  
>and systems; identifies and resolves a wide range of issues / software bugs. They should also demons 
>trate good judgment in selecting methods and techniques for obtaining solutions and operates indepen 
>dently as a leader and team member. ABOUT DIVISION OF HIV, INFECTIOUS DISEASES AND GLOBAL MEDICINE T 
>he Division of HIV, Infectious Diseases and Global Medicine at the University of California, San Fra 
>ncisco (UCSF) is an internationally recognized global leader in clinical care, research, and educati 
>on. With its home-base located at Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Center (ZSFG) 
>, the Division has been ranked as the top facility in the country for AIDS care since 1983. The Divi 
>sion’s work is featured frequently in the media, and it is often visited by numerous international,  
>national, state, and local dignitaries and delegations. The Division consists of approximately 38 fa 
>culty members, 14 fellows/postdoctoral scholars and 170 academic and staff employees. It is the larg 
>est Division of the Department of Medicine (DOM) at ZSFG, with a total expenditure budget of approxi 
>mately $52 million dollars. 
32
t4Qualifications:t3 The Division of HIV, Infectious Diseases and Global Medicine at Zuckerberg San Francisco General Ho
 >spital (ZSFG) is an internationally recognized global leader in HIV clinical care, research and educ
 >ation and has grown to encompass a network of specialty clinics, multiple research and clinical tria
 >ls, an infectious diseases/HIV education program, an international research program in East Africa a
 >nd a vibrant community forum for clinicians and researchers.
5Required Qualifications: - Thorough knowledge of bioinformatics methods, applications programming, w4 
>eb development and data structures. - Advanced knowledge of HPC / data science / CI - Advanced skill 
>s, and 2-3 years demonstrated experience in the area of bioinformatics, computer science, mathematic 
>s, bioinformatics, computational biology, physics, and/or statistical genetics, and associated with  
>one or more of the following: HPC hardware and software power and performance analysis and research, 
> design, modification, Implementation and deployment of HPC or data science or CI applications and t 
>ools. - Thorough knowledge of bioinformatics programming design, modification and implementation. -  
>Understanding of relational databases, web interfaces, and operating systems. - Strong project manag 
>ement skills. Proven ability to successfully work on multiple concurrent projects. - Communication s 
>kills to work with both technical and non-technical personnel in multiple fields of expertise and at 
> various levels in the organization. - Ability to communicate technical information in a clear and c 
>oncise manner. - Demononstrated ability to interface with management on a regular basis. - Self moti 
>vated, and able to work independently or as part of a team. Able to learn quickly and effciently, ab 
>le to meet deadlines and complete projects in a timely manner, and prioritize multiple projects to e 
>nsure the completion of essential tasks by deadlines and demonstrate problem solving skills. - Stron 
>g demonstrated ability to deliver high quality work with attention to detail and the ability to meet 
> strict deadlines - Thorough knowledge of web, application and data security concepts and methods. - 
> Demonstrated broad experience in one or more of the following: optimizing, benchmarking, HPC perfor 
>mance and power modeling, analyzing hardware, software, and applications for HPC / data / CI - Exper 
>tise in working with genomic, transcriptomic, and/or immunologic (flow cytometry) data and relevant  
>analytic tools (e.g., PLINK, SKAT, R Seurat package, FlowJo) - Experience in advanced single cell se 
>quencing and genomewide association data analyses - 3 or more years of directly relevant programming 
> experience - Demonstrated experience and ability to collaborate effectively with all levels of staf 
>f; technical, students, faculty and administrators - Solid technical understanding and proficiency w 
>ith programming languages (e.g., R, Python, Perl, Matlab, C/C++) and SQL - Ease with handling large  
>datasets (e.g., >1 terabyte) and working within Linux-based cloud computing clusters. Preferred Qual 
>ifications: - PhD degree in Bioinformatics/ Systems Biology/ Math/ Statistics/ Computer / Computatio 
>nal / Data Science, or Domain Sciences with computer / computational / data specialization or equiva 
>lent experience. Strong preference for those with experience in advanced single cell sequencing and  
>genomewide association data analyses – especially in the area of translational infectious diseases r 
>esearch. - Thorough knowledge of modern biology and applicable field of research. - Prior laboratory 
>-based experience and/or training in the areas of biology, immunology, or genetics and experience co 
>nducting research involving molecular biology, immunology, and genetic sequencing techniques – espec 
>ially related to HIV translational research. - Humanitarian-minded - Previous experience working wit 
>h clinical datasets, especially related to HIV, COVID-19, and other infectious diseases - Demonstrat 
>ed ability to contribute research and technical content to grant proposals and manuscript submission 
>s Education, Licenses and Certifications: - Bachelor's degree in biological science, computational / 
> programming, or related area and / or equivalent experience / training. - Master’s degree in Bioinf 
>ormatics/ Systems Biology/ Math/ Statistics/ Computer / Computational / Data Science, or Domain Scie 
>nces with computer / computational / data specialization or equivalent experience. - 3 or more years 
> of directly relevant programming experience 
5 Dr. Lee’s research group (https://sulggileelab.ucsf.edu/), housed within the division, focuses on c
 >linical and translational research, and in particular, observational cohort and clinical trial studi
 >es that focus on infectious diseases, such as HIV and SARS-CoV-2. The Bioinformatics Programmer 3 wi
 >ll work closely with the Principal Investigator and Study Investigators in running the computational
 > aspects of Dr. Lee’s research group. They will have the unique opportunity to work directly with pr
 >oject directors and research collaborators to help design and implement data analysis methods to ana
 >lyze a wide range of multidisciplinary projects. These include host genomewide (e.g., whole genome s
 >equencing, GWAS microarray), single cell sequencing (e.g., 10X scRNA/VDJ/ATAC/antibody), pathogen-sp
 >ecific assays (e.g., HIV reservoir quantification by droplet digital PCR methods, HIV-host integrati
 >on PCR assays) and applying advanced statistical modeling approaches to these data (e.g., linear and
 > nonlienar mixed effects modeling, causal inference modeling). The incumbent will lead and help desi
 >gn complex analyses applying novel computational methods and managing the research group’s server sp
 >ace (e.g., UCSF Wynton HPC cluster), assist in overseeing and mentoring trainees (e.g., postdoctoral
 > fellows, graduate students), and be a major part of bringing the analysis projects to completion. 
6 
7 The candidate should have a strong background in mathematics, biostatistics, statistical genetics, 
 >and bioinformatics. They should have strong interpersonal and communication skills to be able to int
 >eract with an interdisciplinary collaborators (clinical and laboratory-based). The candate should us
 >e skills as a seasoned, experienced bioinformatics programming professional with a broad understandi
 >ng of computational algorithms and systems; identifies and resolves a wide range of issues / softwar
 >e bugs. They should also demonstrate good judgment in selecting methods and techniques for obtaining
 > solutions and operates independently as a leader and team member.
8 
9 ABOUT DIVISION OF HIV, INFECTIOUS DISEASES AND GLOBAL MEDICINE
10 
11 The Division of HIV, Infectious Diseases and Global Medicine at the University of California, San F
 >rancisco (UCSF) is an internationally recognized global leader in clinical care, research, and educa
 >tion. With its home-base located at Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Center (ZSF
 >G), the Division has been ranked as the top facility in the country for AIDS care since 1983. The Di
 >vision’s work is featured frequently in the media, and it is often visited by numerous international
 >, national, state, and local dignitaries and delegations. The Division consists of approximately 38 
 >faculty members, 14 fellows/postdoctoral scholars and 170 academic and staff employees. It is the la
 >rgest Division of the Department of Medicine (DOM) at ZSFG, with a total expenditure budget of appro
 >ximately $52 million dollars.