Back to dashboard

BIOINFORMATICS PROGR 2 RP

Job ID 8183 | Run 20260913-151612

Changed Fields

Only the job description changed.

Job Description Diff


Previous Job Description
Current Job Description
n1Job Description:n1Job Summary
2Job Summary Involves developing and utilizing computational tools and systems to analyze and interpr
>et biological or other research data. Utilizes and develops algorithms, computational techniques, an 
>d standard statistical methodologies. Helps in the design of new experiments and leads the execution 
> of building machine learning and statistical models. Implements end-user needs in database developm 
>ent, maintenance, searching, and integration. Maintains computational infrastructure and manages and 
> tracks the flow of samples and information for large-scale studies. Provides bioinformatics and acc 
>ess to public and proprietary databases. Manages cloud and on-premises computational infrastructure  
>and data. Generic Scope Professional who applies acquired job skills, policies, and procedures to co 
>mplete substantive assignments / projects / tasks of moderate scope and complexity; exercises judgme 
>nt within defined guidelines and practices to determine appropriate action. Custom Scope Our researc 
>h efforts are at the intersection of cardiovascular disease and human genetics. Our clinical researc 
>h efforts employ new techniques for deep phenotyping, such as deep learning. But these techniques re 
>ly on a solid foundation of classical bioinformatics. The Bioinformatics Programmer/Data Scientist w 
>ill assist in managing, cleaning, and analyzing large scale medical data using a wide variety of ana 
>lytic techniques, both in the cloud and with on-premises compute depending on data permissions. Expe 
>rience with a cloud provider such as AWS, Microsoft Azure, or Google Cloud is a plus, and ability to 
> learn how to manage cloud-based pipelines, and to perform cloud data management will be essential s 
>kills to develop and maintain. Maintaining bioinformatic databases by obtaining and restructuring da 
>ta, including both UCSF proprietary data and public data, and writing tools to streamline discovery  
>and replication analyses using these databases will be core responsibilities. An important task will 
> be writing and maintaining analytic pipelines in languages such as R, python, Go, Rust, shell, SQL, 
> WDL, and/or other appropriate languages, and using tools such as Docker. Experience with databases  
>or the ability to learn will be requisite. Under the supervision of the PI, the Data Scientist will  
>also be involved in data analysis, and will be comfortable with bioinformatic analyses including var 
>iant calling and annotation. There will be opportunities to employ cutting-edge methods and to devel 
>op new methods. The ability to learn and implement new techniques depending on the problem at hand w 
>ill be an essential skill, thus requiring a strong foundation in computer programming. This position 
> will also include administrative duties and will have the opportunity to participate in—and to lead 
>—authorship teams. DEPARTMENT OVERVIEW The Division of Cardiology is one of the largest clinical, re 
>search and training divisions of the Department of Medicine (DOM) at UCSF. Within the Division are n 
>ine sub-specialty sections for: Adult Congenital Heart Disease; Advanced Heart Failure, Transplant,  
>and Pulmonary Hypertension; Cardiac Electrophysiology; Cardio-Oncology and Immunology; Critical Care 
> Cardiology; Echocardiography and Cardiac Imaging; General Cardiology; Interventional Cardiology; an 
>d Prevention. The Division runs several clinical practices in multiple sites, conducts basic and cli 
>nical research, and educates medical students, residents, clinical fellows and postdoctoral scholars 
> through ACGME as well as non-ACGME training programs. In addition, the Division has significant and 
> complex financial and administrative relationships with DOM and the UCSF Medical Center, as well as 
> large patient care programs in the sections noted above, large clinical, Federal, and privately sup 
>ported research programs and six faculty laboratories. The Division has over 80 full-time faculty, a 
>nd 39 clinical fellows. The Division currently expends over $22 million per year in pursuit of its c 
>linical, research, training, and service missions. While the Division is primarily split between the 
> Parnassus and Mission Bay campuses, fellows have rotations at the Zuckerberg San Francisco General  
>Hospital (ZSFG) and the San Francisco Veterans Affairs Medical Center (SFVAMC). The Pirruccello lab  
>is also part of the Bakar Computational Health Sciences Institute and the Institute for Human Geneti 
>cs at UCSF, and the Data Scientist will be part of the larger computational community and infrastruc 
>ture. ABOUT UCSF The University of California, San Francisco (UCSF) is a leading university dedicate 
>d to promoting health worldwide through advanced biomedical research, graduate-level education in th 
>e life sciences and health professions, and excellence in patient care. It is the only campus in the 
> 10-campus UC system dedicated exclusively to the health sciences. 
32
t4Qualifications:t3 Involves developing and utilizing computational tools and systems to analyze and interpret biologic
 >al or other research data. Utilizes and develops algorithms, computational techniques, and standard 
 >statistical methodologies. Helps in the design of new experiments and leads the execution of buildin
 >g machine learning and statistical models. Implements end-user needs in database development, mainte
 >nance, searching, and integration. Maintains computational infrastructure and manages and tracks the
 > flow of samples and information for large-scale studies. Provides bioinformatics and access to publ
 >ic and proprietary databases. Manages cloud and on-premises computational infrastructure and data.
5Required Qualifications - Working knowledge of bioinformatics methods and data structures. - Working4 
> knowledge of biostatistics and basic statistical testing. - Working knowledge of systems programmin 
>g and databases. - Working knowledge of application and data security concepts. - 12 months or more  
>of demonstrated work experience using medical and/or health-related data, or similar, including deve 
>loping pipelines for extracting, transforming, and loading data, and data analysis. - Ability to eff 
>ectively manage time and see assigned parts of projects through to completion on deadline. - Basic c 
>onsultation and communication skills. - Demonstrated fluency and competency with statistical program 
>ming with the R programming language or the Python programming language. - Experience with or a demo 
>nstrated ability to learn and implement data management and computational pipelines for management o 
>f large-scale data. - At least 6 months of experience in direct data management and analysis using m 
>edical and/or health-related data using the above tools. - Ability to lead and maintain data pipelin 
>es for real-time data acquisition from clinical systems. - Ability to multi-task and work well with  
>limited supervision. - Working project management skills. - Interpersonal skills in order to work wi 
>th both technical and non-technical personnel at various levels in the organization. - Ability to co 
>mmunicate technical information in a clear and concise manner. - Self motivated, able to learn quick 
>ly, meet deadlines and demonstrate problem solving skills. Required Education - Bachelor's degree in 
> biological science, computational / programming, or related area and / or equivalent experience / t 
>raining. Preferred Education - MS or greater in a related science or an equivalent combination of ed 
>ucation and experience. - PhD in a field relevant to biomedical research (bioinformatics, biomedical 
> engineering), or computer science (computer science, machine learning, artificial intelligence) or  
>similar. 
5 Generic Scope
6 
7 Professional who applies acquired job skills, policies, and procedures to complete substantive assi
 >gnments / projects / tasks of moderate scope and complexity; exercises judgment within defined guide
 >lines and practices to determine appropriate action.
8 
9 Custom Scope
10 
11 Our research efforts are at the intersection of cardiovascular disease and human genetics. Our clin
 >ical research efforts employ new techniques for deep phenotyping, such as deep learning. But these t
 >echniques rely on a solid foundation of classical bioinformatics. The Bioinformatics Programmer/Data
 > Scientist will assist in managing, cleaning, and analyzing large scale medical data using a wide va
 >riety of analytic techniques, both in the cloud and with on-premises compute depending on data permi
 >ssions. Experience with a cloud provider such as AWS, Microsoft Azure, or Google Cloud is a plus, an
 >d ability to learn how to manage cloud-based pipelines, and to perform cloud data management will be
 > essential skills to develop and maintain.
12 
13 Maintaining bioinformatic databases by obtaining and restructuring data, including both UCSF propri
 >etary data and public data, and writing tools to streamline discovery and replication analyses using
 > these databases will be core responsibilities. An important task will be writing and maintaining an
 >alytic pipelines in languages such as R, python, Go, Rust, shell, SQL, WDL, and/or other appropriate
 > languages, and using tools such as Docker. Experience with databases or the ability to learn will b
 >e requisite.
14 
15 Under the supervision of the PI, the Data Scientist will also be involved in data analysis, and wil
 >l be comfortable with bioinformatic analyses including variant calling and annotation. There will be
 > opportunities to employ cutting-edge methods and to develop new methods. The ability to learn and i
 >mplement new techniques depending on the problem at hand will be an essential skill, thus requiring 
 >a strong foundation in computer programming.
16 
17 This position will also include administrative duties and will have the opportunity to participate 
 >in—and to lead—authorship teams.
18 
19 DEPARTMENT OVERVIEW
20 
21 The Division of Cardiology is one of the largest clinical, research and training divisions of the D
 >epartment of Medicine (DOM) at UCSF. Within the Division are nine sub-specialty sections for: Adult 
 >Congenital Heart Disease; Advanced Heart Failure, Transplant, and Pulmonary Hypertension; Cardiac El
 >ectrophysiology; Cardio-Oncology and Immunology; Critical Care Cardiology; Echocardiography and Card
 >iac Imaging; General Cardiology; Interventional Cardiology; and Prevention.
22 
23 The Division runs several clinical practices in multiple sites, conducts basic and clinical researc
 >h, and educates medical students, residents, clinical fellows and postdoctoral scholars through ACGM
 >E as well as non-ACGME training programs. In addition, the Division has significant and complex fina
 >ncial and administrative relationships with DOM and the UCSF Medical Center, as well as large patien
 >t care programs in the sections noted above, large clinical, Federal, and privately supported resear
 >ch programs and six faculty laboratories.
24 
25 The Division has over 80 full-time faculty, and 39 clinical fellows. The Division currently expends
 > over $22 million per year in pursuit of its clinical, research, training, and service missions. Whi
 >le the Division is primarily split between the Parnassus and Mission Bay campuses, fellows have rota
 >tions at the Zuckerberg San Francisco General Hospital (ZSFG) and the San Francisco Veterans Affairs
 > Medical Center (SFVAMC).
26 
27 The Pirruccello lab is also part of the Bakar Computational Health Sciences Institute and the Insti
 >tute for Human Genetics at UCSF, and the Data Scientist will be part of the larger computational com
 >munity and infrastructure.
28 
29 ABOUT UCSF
30 
31 The University of California, San Francisco (UCSF) is a leading university dedicated to promoting h
 >ealth worldwide through advanced biomedical research, graduate-level education in the life sciences 
 >and health professions, and excellence in patient care. It is the only campus in the 10-campus UC sy
 >stem dedicated exclusively to the health sciences.